Jadwal Putaran Pertama:
Tanggal Pertandingan Pertandingan Venue Pertandingan
Minggu, 6 Januari 2013 Persija vs Persisam Stad. Utama GBK, Jakarta
Sabtu, 12 Januari 2013 Persija vs Mitra Kukar Stad. Utama GBK, Jakarta
Minggu, 27 Januari 2013 Persija vs PSPS Stad. Utama GBK, Jakarta
Sabtu, 2 Februari 2013 Sriwijaya FC vs Persija Gelora Sriwijaya Jakabaring, Palembang
Selasa, 5 Februari 2013 Pelita vs Persija Stadion Siliwangi, Bandung
Selasa, 12 Februari 2013 Persija vs Gresik United Stad. Utama GBK, Jakarta
Sabtu, 16 Februari 2013 Persija vs Arema Stad. Utama GBK, Jakarta
Selasa, 26 Februari 2013 Persita vs Persija Stadion Mashud, Kuningan
Minggu, 3 Maret 2013 Persib vs Persija Stadion Siliwangi, Bandung
Minggu, 10 Maret 2013 Persija vs Persela Stad. Manahan, SOLO
Kamis, 14 Maret 2013 Persija vs Persepam Stad. Manahan, SOLO
Sabtu, 30 Maret 2013 Persiwa vs Persija Stadion Pendidikan, Wamena
Selasa, 2 April 2013 Persipura vs Persija Stadion Mandala, Jayapura
Sabtu, 6 April 2013 Persija vs Persiram Stad. Utama GBK, Jakarta
Sabtu, 13 April 2013 Persija vs Persidafon Stad. Utama GBK, Jakarta
Rabu, 24 April 2013 Barito Putera vs Persija Stadion Indrasari, Martapura
Minggu, 28 April 2013 Persiba vs Persija Stadion Persiba, Balikpapan

Jadwal Putaran Kedua:

Tanggal Pertandingan Pertandingan Venue Pertandingan
Sabtu, 11 Mei 2013 Persija vs Persiba Stad. Utama GBK, Jakarta
Rabu, 15 Mei 2013 Persija vs Barito Putera Stad. Utama GBK, Jakarta
Rabu, 22 Mei 2013 Persiram vs Persija Stadion Wombik, Sorong
Minggu, 26 Mei 2013 Persidafon vs Persija Stadion Barnabas Youwe, Dafonsoro
Sabtu, 1 Juni 2013 Persija vs Persiwa Stad. Utama GBK, Jakarta
Sabtu, 8 Juni 2013 Persija vs Persipura Stad. Utama GBK, Jakarta
Kamis, 13 Juni 2013 Persepam MU vs Persija Gelora Bangkalan, Madura
Minggu, 16 Juni 2013 Persela vs Persija Stadion Surajaya, Lamongan
Sabtu, 22 Juni 2013 Persija vs Persib Stad. Utama GBK, Jakarta
Rabu, 26 Juni 2013 Persija vs Persita Stad. Utama GBK, Jakarta
Minggu, 30 Juni 2013 Arema vs Persija Stadion Kanjuruhan, Malang
Jum'at, 5 Juli 2013 Gresik United vs Persija Stadion Petrokimia, Gresik
Minggu, 21 Juli 2013 Persija vs Pelita Bandung Raya Stad. Utama GBK, Jakarta
Sabtu, 27 Juli 2013 Persija vs Sriwijaya FC Stad. Utama GBK, Jakarta
Sabtu, 24 Agustus 2013 PSPS vs Persija Kuantan Singigi Sport Centre, Riau
Selasa, 3 September 2013 Persisam vs Persija Stadion Segiri, Samarinda
Sabtu, 7 September 2013 Mitra Kukar vs Persija Stadion Aji Imbut, Tenggarong
Selasa, 17 September 2013 Playoff ISL 2012/2013
Sabtu, 21 September 2013 Perang Bintang ISL 2012/2013